Фамилия Кшенниов — редкая и по написанию, и по происхождению. В ней сразу бросается в глаза нестандартный суффикс: не привычное -ов, а -иов. Такое окончание встречается у фамилий, образованных от основ, оканчивающихся на -ий или -ья, но здесь оно присоединено к корню, который явно не укладывается в стандартную схему. Скорее всего, мы имеем дело с поздним, канцелярским искажением или с диалектным вариантом написания.

Самая вероятная версия — фамилия связана с прозвищем или профессией. Основа «Кшен-» может восходить к диалектному слову «кшень» или «кшеня» — в некоторых говорах так называли скупого, прижимистого человека, а также того, кто постоянно копошится, возится по мелочам. В этом случае Кшенниов — потомок человека, которого за характер прозвали Кшенём. Суффикс -иов вместо -ев или -ов мог возникнуть из-за того, что в документах фамилию записывали на слух, а местные говоры смягчали звучание: «Кшеннёв» превращалось в «Кшенниоф», а потом закрепилось на письме.

Менее распространённая, но тоже возможная гипотеза — связь с названием растения. В южнорусских диалектах «кшен» или «кшенник» — это заросли, кустарник, а также место, где пасётся скот. Тогда прозвище Кшеня мог получить человек, живший у такого места, или пастух.

Фамилия явно недворянская и нестарая: форма на -ов с нестандартным окончанием выдает крестьянское или мещанское происхождение, сформировавшееся не раньше XVIII–XIX веков, когда фамилии фиксировались в переписях. Встретить Кшенниова можно было, скорее всего, в центральных или южных губерниях России, где сохранялись соответствующие говоры. Сегодня фамилия крайне редка, и её носители, вероятно, разбросаны по стране, но корни стоит искать в тех местах, где «кшенить» означало «скупиться» или «медленно работать».