Фамилия Кшишинський с большой вероятностью имеет польское происхождение, о чём говорит типичный суффикс -ский (в оригинале -ski) и основа, восходящая к польскому слову krzysztof. В польской ономастике фамилии с корнем Кшиш- обычно образованы от имени Кшиштоф (польский вариант имени Христофор, что значит «несущий Христа»). Таким образом, Кшишинський — это патронимическая фамилия, указывающая на происхождение от человека по имени Кшиштоф. Форма с окончанием -иньский (Krzyszyński) характерна для юго-восточных регионов Польши, а также для украинских земель, находившихся под влиянием польской шляхетской культуры. В русском языке фамилия закрепилась с окончанием -ий, что типично для адаптации польских фамилий на -ski.

Модель образования здесь простая: к основе Кшиш- (сокращение от Кшиштоф) добавили суффикс -иньск- (указывающий на принадлежность или происхождение) и окончание -ий. Такая схема типична для мелкой шляхты и крестьянства Речи Посполитой, которые в XVI–XVIII веках часто брали фамилии по имени отца или по названию местности. В случае с Кшишинським географическая привязка неочевидна: нет известного населённого пункта с таким названием, поэтому версия с личным именем выглядит правдоподобнее. Однако не исключено, что фамилия могла возникнуть от прозвища Кшиш (например, от польского krzyż — «крест»), но это менее типично, так как суффикс -иньский в таком случае образовывал бы фамилию от топонима.

Встречаемость фамилии невысокая, она редка даже в Польше. В современной Украине носители Кшишинських сосредоточены в основном в западных областях — Львовской, Тернопольской, Волынской, что подтверждает её польско-украинское пограничное происхождение. В России фамилия почти не фиксируется, что естественно: в XIX веке носители такой фамилии оставались в пределах бывшей Речи Посполитой. Любопытная деталь: написание через «и» (Кшишинський, а не Кшишынський) указывает на мягкое произношение согласного, характерное для украинской фонетики, тогда как в польском оригинале звук был бы твёрже. Это говорит о том, что фамилия прошла через украинскую языковую среду, прежде чем закрепиться в письменных документах. По социальному статусу предки Кшишинських, скорее всего, относились к мелкопоместной шляхте или зажиточным крестьянам, которые в XVIII–XIX веках получили фамилию по имени отца.