Фамилия Кшиши — редкий пример фамилии, которая почти наверняка не имеет исконно русского или славянского происхождения. В русской ономастике фамилии, оканчивающиеся на -и, обычно относятся к модели фамилий на -их/-ых (например, Седых, Долгих). Но Кшиши — это не вариант родительного падежа множественного числа, а застывшая форма, характерная для польского или украинского языков.

Наиболее вероятная версия: фамилия Кшиши восходит к польскому имени Кшиштоф (Krzysztof) или его уменьшительной форме Кшись (Krzyś). В таком случае «Кшиши» — это либо патроним (сын Кшися), либо прозвище, образованное от корня «кшиж» (krzyż), что означает «крест». В польском языке «кшиж» — это крест, и фамилия могла указывать на человека, жившего у креста, занимавшегося изготовлением крестов, либо на религиозного человека. В украинском языке есть похожие фамилии (Криж, Крижановский), но форма «Кшиши» выдает именно польский след.

Если же рассматривать фамилию как русифицированную, то в XIX веке при переписях в западных губерниях Российской империи (например, в Гродненской, Волынской или Подольской) носителей фамилии Кшиши могли записать так, как слышали — без типичных русских суффиксов -ов или -ин. Это объясняет, почему фамилия сохранила польское окончание.

Встречаемость фамилии крайне низкая. В современных российских базах данных она почти не фиксируется, что говорит либо о её исчезновении, либо о сосредоточении в Польше или среди потомков польской шляхты, переселившихся на восток. Сословно носители могли быть как крестьянами, так и мещанами, но польское происхождение корня не исключает и шляхетского статуса — в Речи Посполитой фамилии на -и нередко носили мелкопоместные дворяне.

Таким образом, Кшиши — это фамилия-патроним или прозвище, пришедшая из польской языковой среды, скорее всего связанная с именем Кшиштоф или словом «крест». Её уникальность в том, что она не вписалась в русскую модель фамилеобразования и осталась в первоначальной форме.