Фамилия Кшишовская — редкий для русского слуха пример с польским корнем и адаптированным окончанием. Её основа восходит к польскому слову krzyż (крест), которое в русской транскрипции часто передаётся как «кшиж». Отсюда же происходят польские фамилии Кшишовский, Кшижановский, а также топоним Кшиж — название нескольких деревень в Польше.

Суффикс -овск- указывает на типичный для шляхты и мещанства способ образования фамилий от названия владения или места жительства. То есть первый носитель, Кшишовский, скорее всего, происходил из населённого пункта с корнем «кшиж» — например, из деревни Кшиж или Кшижово. Окончание -ая в женском роде (Кшишовская) — это уже чисто русская грамматическая адаптация: в польском языке женская форма звучала бы как Кшишовска.

Поскольку фамилия явно не крестьянская (суффикс -ский в Польше был дворянским и землевладельческим), её носители, вероятно, принадлежали к мелкой шляхте или зажиточным горожанам. В XIX веке, после разделов Речи Посполитой, такие фамилии могли перейти в разряд «однодворческих» — потомков польской шляхты, утратившей привилегии, но сохранившей память о происхождении. На территории бывшей Российской империи фамилия Кшишовская встречается спорадически, чаще всего в западных губерниях, где была сильна польская диаспора.

С точки зрения произношения, фамилия сохранила польское шипящее «ш» в корне, что делает её легко узнаваемой. Других версий происхождения, кроме топонимической, у этой фамилии нет — она слишком прозрачна по словообразованию, чтобы предполагать прозвище или профессию.