Фамилия Кшышовская — редкий пример польского топонимического наследия в русском быту. Её основа и суффикс прямо указывают на происхождение от географического названия: скорее всего, от населённого пункта типа Кшышов (Krzyszów) или Кшышово (Krzyszowo). Суффикс -ская (польск. -ska) в женском роде — типичный для польских дворянских и шляхетских фамилий, образованных от названий имений или местечек. Мужской вариант той же фамилии — Кшышовский (Krzyszowski).

Корень «кшыш-» восходит к польскому слову «krzysz» — устаревшей или диалектной форме от «krzyż» (крест). В основе могло лежать прозвище человека, связанное с крестом: либо по месту жительства у придорожного креста, либо по профессии — например, изготовитель крестов или человек, носивший крест в процессии. Не исключено, что топоним Кшышов первоначально означал «место, где стоит крест» или «крестовый хутор».

В отличие от типичных русских фамилий на -ов/-ев, польская модель на -ский/-ская в Российской империи часто указывала на шляхетское происхождение носителя, особенно если фамилия была записана в документах после разделов Польши. Однако со временем, в XIX–XX веках, такие фамилии могли получить и крестьяне, переселившиеся из польских земель в глубь России или Украины. Встречается Кшышовская преимущественно в западных регионах бывшей Речи Посполитой — на территории современной Беларуси, Украины и восточной Польши.

Написание фамилии с «ш» вместо ожидаемого «ж» (ср. польское Krzyszowski — читается как «Кшыжовски») — результат адаптации польской фонетики к русской орфографии. В польском языке «rz» даёт звук, близкий к русскому «ж», но в некоторых диалектах или при записи через канцелярию могло закрепиться «ш». Таким образом, Кшышовская — это фамилия-топоним, рассказывающая о кресте, который когда-то дал имя целому роду.