Фамилия Ксинофонтова — одна из тех, где на слух легко ошибиться: кажется, что она связана с чем-то чужеземным, но на деле это чисто русская модель образования от крестильного имени. Основа — греческое имя Ксенофонт (Ξενοφῶν), которое переводится как «чужеземный голос» или «говорящий на чужом языке». В святцы оно попало благодаря нескольким раннехристианским святым, в том числе преподобному Ксенофонту, память которого приходится на 8 февраля (26 января по старому стилю). В России имя хоть и не было массовым, но встречалось в купеческой и духовной среде, а также в семьях, где чтили редкие календарные имена.

Суффикс -ов- в фамилии Ксинофонтова указывает на стандартную патронимическую модель: «чей?» — Ксинофонтов, то есть сын или потомок человека по имени Ксенофонт. Притяжательное прилагательное на -ов образовывалось от основ на твёрдый согласный, что здесь и произошло. Окончание -а — женская форма, которая закрепилась в документах за женщинами, но в качестве родового имени фамилия существует и в мужском варианте: Ксинофонтов.

С географической точки зрения фамилия редкая и локальная. Основные очаги её бытования — центральные и северные регионы России, особенно Костромская и Вологодская области, а также Поволжье. Это типичная «фамилия одного села»: если в XIX веке в какой-нибудь деревне жил священник или зажиточный крестьянин Ксенофонт, то его дети и внуки получали прозвание Ксинофонтовы, и фамилия не расползалась широко, а оставалась в пределах уезда. Поскольку имя было нечастым, носители фамилии, скорее всего, происходят из одного или нескольких родственных гнёзд, а не из разных регионов независимо.

Интересная деталь — написание. В дореволюционных метрических книгах можно встретить варианты «Ксенофонтов» и «Ксинофонтов». Первый — более книжный, близкий к оригинальному греческому произношению (с «е» в первом слоге). Второй — народный, отражающий живую речь: в русских говорах безударное «е» часто переходило в «и» (как в словах «систра» вместо «сестра»). Так что фамилия Ксинофонтова — это не ошибка, а фонетически точная запись того, как имя Ксенофонт звучало в повседневном общении крестьян и мещан.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Ксенофонтов — более распространённый вариант, а Ксинофонтов встречается реже. Есть ещё Ксенофонтский, но это уже искусственная семинарская форма на -ский, которую давали в духовных училищах. Простая же фамилия на -ов — признак того, что предок был не из духовенства, а из крестьян или посадских людей, где имя передавали по святцам, но без латинских и греческих «украшений».