Фамилия Ксенофонтовы (в современном написании чаще Ксенофонтов) образована от полного церковного имени Ксенофонт. Это каноническое мужское имя греческого происхождения, которое носил, например, византийский святой V века — преподобный Ксенофонт. Само имя состоит из двух греческих корней: «ксенос» — «чужой, чужестранец, иноземец» и «фонтос» — возможная форма от глагола со значением «принимать, радушно встречать». Поэтому исходное значение имени Ксенофонт чаще всего толкуют как «гостеприимный к чужеземцам» или «радушно принимающий иноземцев».

Фамилия строится по самой распространённой в русской ономастике модели: к основе имени добавляется суффикс -ов, указывающий на принадлежность. Ксенофонтов буквально означает «сын Ксенофонта» или «потомок Ксенофонта». Такая модель стала типичной для основной массы русских фамилий, особенно среди духовенства и дворянства, где часто использовали полные, а не уменьшительные формы имён.

Примечательно, что фамилия Ксенофонтов — одна из тех, что могла закрепиться в семинарской среде. В духовных училищах и семинариях нередко давали фамилии по именам святых, особенно если собственной фамилии у ученика не было. Так что предки Ксенофонтовых с большой вероятностью могли быть людьми духовного звания или происходить из семей, тесно связанных с церковью. В крестьянской же среде имя Ксенофонт встречалось реже из-за своей длины и книжного звучания, поэтому фамилия эта не относится к массовым.

О точном времени и месте возникновения фамилии Ксенофонтов говорить сложно: процесс становления русских фамилий растянулся на несколько столетий, с XV по XVII–XVIII века. Однако можно уверенно сказать, что эта фамилия — памятник греко-славянских культурных связей и византийского наследия, закреплённый в русской антропонимии через церковный календарь.