Фамилия Ксенофотов — одна из тех, что сразу обращает на себя внимание необычной основой. В русском ономастиконе она стоит особняком: её корень уходит не в славянские прозвища или ремёсла, а в древнегреческое имя Ксенофонт. Это имя, в свою очередь, составлено из двух слов: «ксенос» (чужой, чужеземец, гость) и «фонтос» (убивающий). Звучит мрачно, но на деле имя означало нечто вроде «побеждающий чужеземцев» или «отражающий врагов» — типичный для греческой антропонимики «оборонительный» смысл.

В России имя Ксенофонт попало через православные святцы. Его носил, например, преподобный Ксенофонт Робейский, новгородский чудотворец XVI века, а в византийской традиции почитается святой Ксенофонт с супругой Марией и сыновьями. Имя никогда не было частым: оно считалось книжным, монашеским или городским, но не крестьянским. Соответственно, и фамилия Ксенофотов — редкая, сосредоточенная в основном в среде духовенства и купечества.

Словообразовательная модель проста: к основе «Ксенофот» (усечённая форма от Ксенофонт) добавили типичный русский суффикс -ов. Так образовывали фамилии от полных церковных имён: Иванов, Петров, а в данном случае — Ксенофотов. Важно, что в основе нет буквы «н» — это не ошибка, а распространённая народная или канцелярская адаптация: длинное имя Ксенофонт в быту часто сокращали до Ксенофот, отсюда и фамилия.

Если сравнивать с однокоренными, то в той же логике возникли фамилии Ксенофонтов и Ксенофонтовский (последняя — типично семинарская, «учёная»). Ксенофотов же — более «земной» вариант, который мог закрепиться за сыном человека по имени Ксенофонт в среде, где имя не переделывали в ласкательную форму, а просто урезали. Географически фамилия встречается в центральных областях России, а также в старообрядческих общинах, где держались за редкие дониконовские имена.

Прозвищного происхождения у фамилии нет: ни ремесла, ни внешности, ни характера за ней не стоит. Её носитель — потомок человека, которого в семье или при записи в метрическую книгу назвали по отцу — Ксенофотов сын. Это делает фамилию чисто патронимической, без добавочных смысловых слоёв, но с ясной и редкой историей.