Основой фамилии Ксенофонтова послужило церковное имя Ксенофонт. Фамилия Ксенофонтова образована от канонического мужского имени Ксенофонт, имеющего греческое происхождение. Имя Ксенофонт в переводе на русский язык означает «чужой, чужестранец, иноземец» или «гостеприимство, радушный прием». Скорее всего, основатель рода Ксенофонтовых был выходцем из высшего сословия. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Ксенофонт, со временем получил фамилию Ксенофонтова.