Фамилия Ксенофонтова — одна из тех редких русских фамилий, в основе которой лежит не прозвище и не профессия, а полное церковное имя. Её образовали от канонического мужского имени Ксенофонт, которое пришло на Русь вместе с христианством из Византии. Греческое происхождение имени даёт двойное толкование: «чужой, чужестранец, иноземец» или «гостеприимство, радушный приём». Второй вариант считается более вероятным для имени, которое давали при крещении — вряд ли родители желали ребёнку быть чужим, а вот гостеприимство было добродетелью.

В русской именной традиции имя Ксенофонт никогда не было массовым. Оно принадлежало к числу редких, «учёных» имён, которые чаще встречались в среде духовенства и образованного дворянства. Именно поэтому в происхождении фамилии есть социальный оттенок: скорее всего, основатель рода Ксенофонтовых принадлежал к высшему сословию или к церковной среде, где греческие имена давали чаще, чем в крестьянской среде.

Фамилия образована по самой распространённой модели — с помощью суффикса -ов, который присоединялся к основе имени, оканчивающейся на твёрдый согласный. Форма Ксенофонтова указывает на то, что родоначальником был мужчина по имени Ксенофонт, а его потомки (дети, внуки) получили фамилию по отцу. Суффикс -а типичен для женской формы фамилии, но в русской традиции он закрепился за всеми носительницами, независимо от поколения.

Интересная деталь: имя Ксенофонт встречается в древнерусских святцах, но его народные формы почти не зафиксированы. В отличие от имён вроде Иван или Пётр, которые давали множество производных (Иванов, Петров), Ксенофонт остался без уменьшительных и просторечных вариантов. Это значит, что фамилия Ксенофонтова — пример «книжного» происхождения, когда имя не обросло бытовыми переделками, а перешло в фамилию в своей полной, оригинальной форме.