Фамилию Ксенафонтов проще всего объяснить, заглянув в святцы: в основе лежит каноническое имя Ксенафонт (греч. «чужеземный голос» или «чужой звук»). Это имя в православной традиции носил преподобный Ксенафонт Робейский, новгородский чудотворец XV века. Однако фамилия образовалась не от святого напрямую, а от его обиходной, бытовой формы — Ксенафонт или, что чаще в русской среде, Ксенафонт с ударением на второй слог. Суффикс -ов указывает на типичную модель русских фамилий: «чей?» — Ксенафонтов, то есть сын или потомок человека по имени Ксенафонт.

Редкость фамилии связана с нечастым употреблением самого имени. В дореволюционной России Ксенафонт встречалось в основном в среде духовенства и купечества, где следовали строгой традиции именования по святцам. В крестьянской среде имя приживалось хуже из-за сложности произношения: его часто переделывали в Ксенофонт, Ксенофонтий, а то и в просторечное Ксеноха. Поэтому фамилия Ксенафонтов могла фиксироваться и с вариантом Ксенофонтов — оба написания были допустимы, хотя первый считается более каноничным. В метрических книгах XIX века встречаются обе формы, что создаёт путаницу при генеалогическом поиске.

С географической точки зрения фамилия тяготеет к северным и центральным губерниям России — Новгородской, Вологодской, Костромской, отчасти Ярославской. Это объясняется почитанием Ксенафонта Робейского именно на новгородской земле. Если ваши предки Ксенафонтовы родом из этих мест, высока вероятность, что фамилия закрепилась у потомков крестьян или однодворцев, приписанных к местному приходу. В южных и сибирских регионах фамилия практически не встречается — это дополнительный маркер для поиска корней.

Отдельного внимания заслуживает ударение. В современном бытовом произношении часто говорят Ксенафо́нтов, но по правилам русской фамильной акцентологии ударение должно падать на основу — Ксена́фонтов (как и в имени Ксена́фонт). Смещение ударения на суффикс — признак позднейшего просторечного переосмысления, когда фамилию начали воспринимать как «чужую» и подравнивали под более привычные модели (Ивано́в, Петро́в). В архивных документах XIX века ударение, как правило, не фиксировалось, но в дворянских и купеческих родословных росписях встречается именно вариант Ксена́фонтов.

Если сравнивать фамилию с однокоренными — Ксенофонтов, Ксенофонтский, Ксенафонтьев, — то Ксенафонтов стоит особняком как наиболее прямая отчествообразная форма. Суффикс -ский (Ксенофонтский) указывал бы на принадлежность к местности или сословию, а -ев (Ксенафонтьев) — на более редкую модель от полной церковной формы. Ваш вариант — самый «бытовой» и демократичный, он говорит о том, что предок был простым человеком, чьё имя не переделывали для благозвучия, а записали как слышали.