Фамилия Ксюпов — редкий пример того, как в русском родовом имени сохранились следы арабской лексики, прошедшей через тюркскую языковую среду. В её основе лежит имя Ксюп, которое, по наиболее вероятной версии, восходит к арабскому «кусуф» (затмение) или «хусуф» (лунное затмение). Так могли назвать ребёнка, родившегося в момент затмения — явления, которое в традиционных культурах считалось знаковым и требовало особого имени.

Дальнейшее превращение арабского слова в имя Ксюп произошло под влиянием татарского или башкирского языков. В них сработали сразу три фонетических процесса: чередование гласных «у» на «ю», замена начального «х» на «к» и переход конечного «ф» в «п». Так «хусуф» сначала превратилось в «ксюп», а затем, при образовании фамилии, получило стандартный русский патронимический суффикс -ов. Модель простая: имя Ксюп → «чей сын?» → Ксюпов.

С точки зрения географии, фамилия тяготеет к регионам с сильным татарским и башкирским влиянием — Поволжье, Приуралье, южный Урал. Встречается она редко, и это делает её интересным объектом для ономастики: в ней сплелись арабский корень, тюркское посредничество и русская словообразовательная норма. Сословной привязки у фамилии нет — носителями могли быть и крестьяне, и служилые люди, и купцы, в зависимости от конкретной ветви рода.