Фамилия Кубаткина — женская форма фамилии Кубаткин, а та, в свою очередь, образована от прозвища Кубатка. Чтобы понять, кем мог быть предок, разбираемся со значением основы. В архангельских говорах «кубаткой» называли большую крынку, а в орловских — «ситный хлеб», то есть сдобу, испечённую из просеянной муки. Первое, что приходит на ум: прозвище могли дать гончару, делавшему крынки, или пекарю, торговавшему хлебом. Но тут есть нюанс.

В русской ономастике, как отмечал Б. Унбегаун в «Русских фамилиях», названия объёмных предметов быта часто становились прозвищами полных людей. Крынка — ёмкость, хлеб — тоже нечто округлое и весомое. Поэтому правдоподобнее, что Кубаткой прозвали человека солидной комплекции. Такая модель прозвищ была распространена повсеместно и не считалась обидной — скорее, бытовой констатацией факта. Суффикс -к- в прозвище указывает на уменьшительно-ласкательную или, как в этом случае, бытовую форму, характерную для северных и центральных говоров.

Фамилия закрепилась в основном в северных регионах России, где слово «кубатка» было в ходу. Это косвенно подтверждает, что предки Кубаткиных могли жить в Архангельской или соседних губерниях. Важно и то, что фамилия заканчивается на -ин, а не на -ов: это типично для прозвищ на -а/-я. Так, Кубатка → Кубаткин — прямая модель, без лишних суффиксов, что говорит о сравнительно позднем оформлении фамилии, когда прозвище уже прочно ассоциировалось с конкретным родом.