Фамилия Кубаткин — из числа тех, что образованы от прозвища, а не от крестильного имени. Основа здесь — слово «кубатка», но его значения различаются в зависимости от региона. В архангельских говорах кубаткой называли большую крынку, глиняный сосуд для молока. В орловских — ситный хлеб, выпечку из просеянной муки. Поэтому первая версия: прозвище Кубатка мог получить либо гончар, делавший крынки, либо пекарь, торговавший сдобой.

Вторая версия — антропометрическая. В старину названия больших емкостей (кубатка, кадка, бочка) нередко становились прозвищами полных, грузных людей. Такая метафора была понятна всем, не считалась оскорбительной и встречалась повсеместно. С учетом того, что прозвище Кубатка фиксируется в разных губерниях, эта версия выглядит правдоподобнее: она объясняет более широкую географию, чем привязка к одному ремеслу.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Кубаткин — «сын Кубатки». Это стандартная модель для русских фамилий, образованных от основ на -а/-я. По той же схеме сложились, скажем, фамилии Путятин или Головин.

Точное место и время появления фамилии Кубаткин установить трудно: процесс закрепления фамилий у крестьян растянулся на несколько столетий и завершился лишь к концу XIX века. Однако ясно, что прозвище Кубатка бытовало в разных слоях населения, а значит, Кубаткины могли быть и ремесленниками, и крестьянами, и людьми, получившими прозвище за внешность.