Фамилия Кубаткин образовалась от прозвища Кубатка. Это слово многозначное: в архангельских говорах так называли большую крынку, а в орловских — «ситный хлеб». Казалось бы, прозвище мог получить пекарь, что пек сдобу, или гончар, делавший крынки. Но более вероятно, что Кубаткой прозвали полного человека. В старину названия крупных емкостей — кадушка, бочка, кубатка — часто переходили на людей крепкого телосложения. Такая переносная метафора была повсеместной и воспринималась спокойно, без обидного оттенка. Поэтому потомок человека с таким прозвищем и стал Кубаткиным.

Фамилия построена по простой и типичной для русского севера модели: прозвище на -а плюс суффикс принадлежности -ин. Сам суффикс указывает на прямое родство: «чей?» — «Кубаткин», то есть сын или внук Кубатки. Эта модель особенно частотна в северных и центральных областях России, где фамилии на -ин уступают по распространенности только фамилиям на -ов. Если ваш предок носил эту фамилию, он с большой вероятностью был родом из архангельских или вологодских земель, где слово «кубатка» в значении «крынка» было в ходу, а не из орловских, где так называли хлеб.