Фамилия Кубацкие (в мужском роде — Кубацкий) относится к числу фамилий, образованных по польско-украинской модели с суффиксом -цкий. Этот суффикс указывал на принадлежность к роду или на происхождение из определённой местности. В случае с Кубацкими буквальное значение — «сын Кубы» или «человек из рода Кубы».

Самая вероятная основа фамилии — тюркское имя Куба (Кубай). Такие имена попадали в русскую и украинскую среду через татарское влияние, особенно активное в XIV–XV веках. Имя Куба могло быть как личным именем, так и прозвищем, которое затем закрепилось за потомками.

Менее убедительная, но возможная версия связывает фамилию с глаголом «кубить» (в некоторых говорах — «гнуть, мять» или «колдовать»). От него могло возникнуть прозвище Куба — например, для низкорослого коренастого человека. Однако эта гипотеза слабее, так как следов такого прозвища в исторических источниках почти нет, тогда как тюркские имена на Руси — явление массовое.

Фамилии на -цкий в XIV–XVI веках часто получали шляхта и зажиточные крестьяне на землях современной Украины, Беларуси и восточной Польши. Это не значит, что все Кубацкие принадлежали к дворянству — суффикс мог закрепиться и у простых людей, но он указывает на регион бытования: скорее всего, западные или юго-западные земли Древней Руси, где влияние польской ономастической традиции было сильным.

Точное место и время возникновения рода Кубацких можно установить только через генеалогическое исследование: поиск в метрических книгах, ревизских сказках и шляхетских списках. Но сама фамилия — живой след культурного обмена между славянским и тюркским мирами, застывший в суффиксе и основе.