Фамилия Куберская — редкий случай, когда географическая основа и суффикс не сходятся в очевидном ответе. С первого взгляда кажется, что перед нами типичная «дворянская» фамилия на -ский, образованная от названия местечка Кубер. Но загвоздка в том, что топоним Кубер встречается в России крайне редко (есть хутор Кубер в Ростовской области, но он невелик и не дал бы массовой фамилии). Поэтому версия с географическим названием хоть и возможна, но не главная.

Куда вероятнее, что в основе лежит прозвище или мирское имя Кубер. В русских говорах слово «кубер» или «куберь» могло означать нечто вздутое, горбатое, неровное — отсюда и диалектное «кубероватый» (неровный, шишковатый). Человека с таким прозвищем могли назвать за внешность (сутулость, горб) или за характер (неуживчивый, «колючий»). Суффикс -ск- в таком случае не указывает на знатное происхождение, а работает как обычный оформитель фамилии — по модели, характерной для юго-западных регионов (Украина, Белоруссия, западные губернии России). Там фамилии на -ский могли давать и крестьянам, и мещанам.

Есть и вторая, более прозаичная версия: Кубер — это искажённое Кубера, форма от имени Куприян (Куприян → Купера → Кубер). В народной этимологии имя легко теряло согласные, и «Кубер» звучало как сокращение. Тогда Куберская — это матроним или фамилия по отцу, которого в быту звали Кубер.

География фамилии тоже подсказывает: Куберские встречаются в основном на западе России, в Беларуси и на Украине. В списках дворянства эта фамилия не засветилась — скорее всего, предки были крестьянами или мещанами, а фамилию получили при переписях XIX века по прозвищу или по имени главы семьи. Так что Куберская — это не «аристократический след», а живая народная фамилия, которая могла родиться из горба, из имени или из забытого хутора.