Фамилия Кубетов — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В отличие от фамилий на -ов, образованных от крестильных имён (Иванов) или профессий (Кузнецов), основа «кубет» в русском языке не встречается как самостоятельное слово. Это указывает на то, что корень, скорее всего, заимствованный или диалектный.

Самая вероятная версия связывает фамилию с тюркскими языками. В них слово «кубет» или близкие по звучанию «кюбет», «кюбе» могли означать «свод», «купол», «шатёр» или «навес». В таком случае Кубетов — это потомок человека, который имел отношение к строительству или владел характерным жилищем. В тюркской среде прозвища по типу жилья или его частей были распространены: например, у народов Кавказа и Поволжья фамилии, образованные от слова «купол», фиксируются в ономастических справочниках. Учитывая географию фамилии — её носители встречаются в Башкортостане, Татарстане и соседних регионах, — эта гипотеза выглядит наиболее убедительной. Модель образования проста: к основе «Кубет» прибавлен русский патронимический суффикс -ов, что типично для фамилий, возникших в зоне русско-тюркского пограничья.

Существует и менее вероятная версия, что в основе лежит искажённое личное имя. Например, в некоторых диалектах «Кубет» могло быть формой имени Кобыт или Кубат, которое восходит к арабскому «кувват» (сила, мощь). Однако эта гипотеза слабая, так как не подтверждается массовыми записями в метрических книгах. Спор о корне «кубет» решается в пользу тюркского «купол/шатёр» именно из-за региональной привязки фамилии к территориям, где кочевое и полукочевое жильё было нормой.

Фамилия Кубетов — пример того, как русский суффикс «прирастает» к иноязычной основе, фиксируя прозвище или род занятий предка. Носитель этой фамилии может с высокой вероятностью предполагать, что его предок жил в степи или предгорье, и его дом — будь то юрта или крытый повозкой шатёр — дал имя всему роду.