Фамилия Кубединова — женская форма фамилии Кубединов, и её стоит разбирать через мужской вариант. Основа здесь — имя или прозвище Кубедин. Словообразовательная модель типична для тюркских фамилий, адаптированных русским суффиксом -ов: к тюркскому имени приращивается русский патронимический суффикс, указывающий на принадлежность роду.

Корень «Кубед» или «Кубеди» — скорее всего, восходит к тюркскому имени Кубет или Кубед. В тюркских языках «куб» (küp, kub) может означать «кувшин», «сосуд», но в антропонимике чаще встречается значение «много», «обильный» или «сильный». Имя Кубет известно у кумыков, ногайцев, балкарцев и других народов Северного Кавказа. В дагестанских языках, например, кумыкское «кюбеди» — «большой», «великий». То есть исходное имя могло быть пожелательным: родители называли сына Кубетом, желая ему силы, роста или богатства.

Суффикс -ин в тюркской части фамилии (Кубед-ин) мог быть показателем принадлежности: «сын Кубеда». А уже русский суффикс -ов добавился при оформлении фамилии в российских документах, чаще всего в XIX — начале XX века, когда шёл массовый учёт населения.

Географически фамилия Кубединовы распространена прежде всего в Дагестане, особенно среди кумыков, а также встречается у чеченцев и ингушей. Это типичная патронимическая фамилия, указывающая на конкретного предка по имени Кубед (или Кубедин). Никакой связи с дворянскими родами или древнерусскими боярами здесь нет — это поздняя фамилия, сложившаяся в среде горских народов при интеграции в общероссийскую систему фамилий.

Есть редкая альтернативная версия, что основа могла быть арабской — от «кубба» (купол). Но она слабая: в тюркской ономастике Северного Кавказа нет традиции образовывать имена от арабского слова «купол», зато имя Кубет фиксируется в кумыкских родословных. Поэтому тюркская версия — основная и наиболее правдоподобная.