Фамилия Кубединов — нечастая, и её происхождение не лежит на поверхности. Чтобы разобраться, стоит начать с географической привязки: фамилия с большой вероятностью имеет северокавказские или тюркские корни, а её основа — личное имя или прозвище Кубедин.

Модель образования здесь классическая для русских фамилий: суффикс -ов присоединён к основе Кубедин. Такие фамилии чаще всего возникали в среде, где русская административная система фиксировала людей по отчеству или по имени отца. Если отца звали Кубедин, его сыновья становились Кубединовыми. Суффикс -ов указывает на принадлежность («чей сын?»), что типично для фамилий, оформленных в XIX веке у разных народов Российской империи.

Само имя Кубедин — составное. Первая часть, «Куб-», может восходить к тюркскому «куб» (множество, много) или к арабскому «кубба» (купол, свод, а в переносном смысле — возвышенность). Вторая часть, «-един», — это искажённое арабское «дин» (вера, религия). Получается, что имя Кубедин — вариант мусульманского имени, например, Куббаддин или Кутбуддин («столп веры»). Подобные имена (с усечением или адаптацией к местному произношению) не редкость в дагестанских, чеченских, кумыкских или ногайских семьях.

Менее вероятная, но допустимая версия — связь с тюркским словом «кубе» (светлый, бледный) или «кубек» (щенок, детёныш). В таком случае Кубедин могло быть домашним прозвищем, которое затем закрепилось как фамилия. Однако первая версия — через арабское имя — выглядит убедительнее, потому что такие антропонимы часто фиксировались в метрических книгах и ревизских сказках.

Встречаемость фамилии Кубединов крайне низкая. Основной ареал — республики Северного Кавказа (Дагестан, Чечня), а также среди кумыкского и ногайского населения. В центральной России фамилия почти не известна, что подтверждает её региональное происхождение. Носители фамилии, скорее всего, потомки горцев или степняков, получивших фамилию в ходе унификации имён в XIX — начале XX века.

По сословию предки Кубединовых — вероятнее всего, свободные крестьяне или уздени (в горских обществах — свободные общинники, не принадлежавшие к знати). Дворянских родов с такой фамилией в «Бархатной книге» или в списках столбового дворянства нет. Это не делает фамилию «простой»: она сохранила память о конкретном человеке, носившем имя с религиозным смыслом, и о регионе, где это имя было распространено.