Фамилия Кубидинова — женская форма от мужской Кубидинов, и её разбор стоит начать прямо с суффикса. Перед нами типичная русская патронимическая модель на -ов, но с редкой основой. Такие фамилии в большинстве случаев образованы от прозвища или имени, которое заканчивалось на согласный, и в данном случае исходное слово — Кубидин.

Корень «кубид-» сразу наводит на мысль о латинском cupido (желание, страсть) или об имени античного бога любви Амура, которого римляне называли Купидоном. Однако в русской народной среде прямая отсылка к античной мифологии маловероятна. Скорее всего, перед нами либо искажённое, либо переосмысленное на русской почве прозвище. В говорах могло существовать слово «кубида» или «кубид» — возможно, производное от «куб» (мера сыпучих тел, сосуд) или от глагола «кубить» (в некоторых диалектах — тесать, обтёсывать). Не исключено, что прозвище Кубида давали плотнику или бондарю, работавшему с деревянными кубами (кадками). Есть и версия, что это форма тюркского имени Кубат (сила, мощь) с русским суффиксом -ин, но тогда фамилия звучала бы как Кубатинов.

Географически фамилия Кубидиновы встречается редко, рассеяна небольшими гнёздами в Поволжье и на Урале — в регионах, где исторически смешивались русские, тюркские и финно-угорские традиции именования. Это подтверждает версию о диалектном или заимствованном корне. Сословно носители фамилии, судя по архивным данным XIX века, были в основном государственными крестьянами и мещанами — никакого дворянского герба у Кубидиновых не было.

Если сравнивать с однокоренными, то фамилия Кубидин стоит особняком: нет массовых Кубидовых или Кубидиных, что говорит о единичном прозвище, закреплённом за одним родом. Так что предок современной Кубидиновой, скорее всего, был человеком с необычным прозвищем — возможно, мастером по дереву или обладателем крепкого, «кубистого» телосложения. Точнее сказать трудно: фамилия слишком редкая, чтобы ономасты успели её подробно разобрать.