Фамилия Кубиев образована по самой распространённой в русском языке модели — с суффиксом -ев, который присоединяется к основе, оканчивающейся на -й. Такая модель типична для фамилий, возникших из отчеств: Кубиев — буквально «сын Кубия». Основа Кубий восходит к тюркскому мужскому имени Кубий. В тюркских языках это имя имеет давнюю традицию, и фамилия Кубиев встречается прежде всего у народов Северного Кавказа, в частности у чеченцев. В Книгу памяти Чеченской Республики внесены Кубиев Алдам (р. 1899) и Кубиев Алаудин (р. 1900) — эти записи подтверждают, что фамилия бытовала в регионе ещё до середины XX века.

Существует и другая, менее вероятная версия: связь фамилии с еврейским словом «кубия». В переводе с иврита оно означает «постоянство, регулярность, прочность, неизменность». Сторонники этой гипотезы предполагают, что фамилия могла указывать на неуклонное соблюдение предком традиций и обрядов своего рода. Однако эта версия слаба: слово «кубия» не является личным именем или прозвищем, от которого по русской модели легко образуется фамилия на -ев. К тому же фамилия Кубиев почти не фиксируется в ареалах традиционного расселения евреев (на территории бывшей черты оседлости), зато хорошо известна на Северном Кавказе, где тюркские имена были обычны. Поэтому тюркское происхождение — основное и наиболее правдоподобное объяснение.