Фамилия Кубкина образована от мужской формы Кубкин, которая, в свою очередь, восходит к прозвищу Кубка. В русском языке суффикс -к- часто указывал на уменьшительно-ласкательную или бытовую форму слова. В данном случае основа «куб» могла иметь несколько значений, и разбор фамилии требует учета региональных говоров.

Самая прямая версия — связь со словом «куб» в значении «сосуд для перегонки или хранения жидкости» (перегонный куб, пивной куб). В этом случае прозвище Кубка мог получить бондарь, изготавливавший такие емкости, или человек, торговавший спиртным. Однако в южнорусских и украинских говорах «кубка» означала деревянную миску, чашку. Тогда прозвище могло закрепиться за тем, кто делал или продавал деревянную посуду. Не исключено, что в основе лежит древнерусское нецерковное имя Куб, известное по новгородским берестяным грамотам — такие имена давали по внешним признакам или предметам быта.

Фамилия Кубкина — женская форма, принадлежащая к типичной для восточнославянского ареала модели на -ин. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «дочь или жена Кубки». В мужской форме (Кубкин) она стоит в ряду таких фамилий, как Горшкин, Ложкин, Ковшиков — то есть образованных от названий домашней утвари. Поскольку прозвище Кубка было нередким в крестьянской среде, фамилия могла возникнуть независимо в разных губерниях.

Стоит учесть и альтернативную, менее вероятную версию: связь с тюркским словом «куб» (глина, глиняный кувшин). В этом случае фамилию могли получить выходцы из татарской или башкирской среды, занимавшиеся гончарным ремеслом. Но для русской фамилии Кубкина эта гипотеза остается вспомогательной, так как слово «куб» в значении сосуда давно и прочно вошло в русский язык.

В исторических документах фамилия Кубкин встречается с XVII века. Например, в переписных книгах Курского уезда упоминаются крестьяне Кубкины. В XIX веке носители фамилии фиксировались в Орловской, Тамбовской и Саратовской губерниях. География подсказывает, что большинство Кубкиных — потомки однодворцев или государственных крестьян центральной России.