Фамилия Кубковская звучит на польский манер, и её разбор стоит начать с суффикса. Типичное окончание -ский/-ская указывает на дворянское или шляхетское происхождение в Польше, Великом княжестве Литовском и на западе современных России, Украины и Беларуси. Однако не стоит обольщаться: на практике такую фамилию мог получить и простой крестьянин, которого записали по названию деревни или по прозвищу хозяина.

В основе фамилии лежит имя Кубка. Это не славянское прозвище от слова «кубок», а польская уменьшительная форма от имени Иаков (польск. Jakub). Иаков — библейское имя древнееврейского происхождения, которое традиционно переводят как «второй по рождению» (имеется в виду библейский Иаков, родившийся вторым из близнецов). В польской традиции уменьшительные имена вроде Кубка, Куба или Кубец были широко распространены среди простого народа. Поэтому, скорее всего, основатель рода Кубковских был человеком незнатного происхождения, которого в быту звали просто Кубко — как соседа или ремесленника.

Фамилия образована по модели «имя Кубко + суффикс принадлежности -ов- + типичный шляхетский суффикс -ский». То есть буквально «Кубковская» — это «принадлежащая Кубку» или «выходящая из семьи Кубко». Со временем эта конструкция закрепилась как наследственная фамилия. Так потомок человека по имени Кубко получил фамилию Кубковская.