Фамилия Кубохова — редкий пример, где на слух почти не чувствуется русская основа. С первого взгляда кажется, что корень «куб» указывает на геометрическую фигуру, но в фамилиях такое встречается крайне редко и обычно в прозвищах за внешность (например, Кубарь). В случае Кубоховой всё сложнее и интереснее.

Скорее всего, это вариант фамилии Кубахов или Кубахова. Основа здесь не «куб», а «куба́к» — старое диалектное слово, которое в южнорусских и украинских говорах означало «кувшин», «глиняный сосуд» или «кружка». Прозвище Куба́к могли дать гончару, бондарю или просто человеку с круглой, полной фигурой, напоминающей кувшин. Фамилия образовалась по типичной модели: прозвище Кубах (с чередованием к/х, как «казак» — «казах») плюс суффикс -ов, что буквально значит «сын Кубаха». Женская форма Кубохова указывает на принадлежность к этому роду (жена или дочь Кубохова).

Вторая, менее вероятная версия, связывает фамилию с тюркским корнем «куб» (гнедой, светло-жёлтый) или «куба» (бледный, седой). В таком случае прозвище могло относиться к цвету волос или масти лошади. Но эта гипотеза слабее, так как суффикс -ов/-ев в русских фамилиях чаще наращивается на славянские прозвища, а не на тюркские прилагательные.

Географически фамилия Кубохова встречается в основном на юге России и в восточных областях Украины — в зоне, где слово «кубак» было в ходу. Встречаются также варианты написания Кубахова, Кубохов. Это не дворянская фамилия, а типичная крестьянская или казачья, возникшая не в канцелярии, а в живой речи.