Фамилия Кубохов — редкая и с неочевидной этимологией. В ней сразу бросается в глаза суффикс -ов, типичный для русских фамилий, образованных от полных или кратких форм мужских имён, прозвищ или профессий. Однако основа «Кубох» не встречается ни в современных, ни в древнерусских именословах, поэтому её значение приходится реконструировать, опираясь на диалектную лексику и возможные искажения.

Наиболее вероятная версия связывает фамилию с диалектным словом «кубоха» или «кубошка». В русских говорах (особенно северных и сибирских) так называли небольшую деревянную или берестяную посудину — кубышку, бочонок, а иногда и просто короб. Прозвище Кубох мог получить полный или приземистый человек, либо тот, кто изготавливал или торговал такой тарой. Модель образования проста: от прозвища Кубох через притяжательный суффикс -ов — «сын Кубоха», то есть Кубохов.

Менее распространённая, но ономастически допустимая версия — искажение при переписи. Фамилия могла возникнуть от более известной основы, например, от имени Кузьма (через форму Куба, Кубик) или от прозвища Куба (крупный, массивный предмет). Суффикс -ох- в русских прозвищах иногда использовался для придания экспрессивности: ср. Глухой — Глухох, Сухой — Сухох. В таком случае Кубох — это «кубоватый», «похожий на куб». Но эта версия слабее, так как слово «куб» в значении «геометрическое тело» вошло в русский язык поздно, а в диалектах «куб» чаще означал котёл или чан.

Географически фамилия Кубохов тяготеет к югу России и Восточной Украине. По данным современных телефонных справочников и архивов ЗАГС, носители встречаются в Ростовской, Волгоградской областях, а также в Краснодарском крае. Это косвенно подтверждает связь с диалектами южнорусского наречия, где слово «кубоха» бытовало в значении «корзина» или «лукошко». В центральных и северных регионах фамилия практически не фиксируется.

С точки зрения социальной истории, Кубоховы, скорее всего, происходили из крестьян или ремесленников. Прозвище, лёгшее в основу, не указывает на знатное происхождение или церковную должность — оно бытовое, описывающее внешность или занятие. Если бы фамилия была дворянской, она, вероятно, сохранилась бы в родословных книгах, но Кубоховых там нет. Вариантов написания с буквой «ф» (Кубохоф) или через «в» (Кубохов) не зафиксировано — фамилия устойчива в современной орфографии.