Фамилия Кубахов образована по одной из самых продуктивных моделей русских фамилий — с помощью суффикса -ов, который присоединялся к основе, чаще всего к прозвищу или мирскому имени. В данном случае основа — Кубах. Это слово не является каноническим церковным именем, а значит, перед нами типичная «прозвищная» фамилия: предка могли прозвать Кубахом за какую-то черту, внешность или род занятий.

Сам корень — куб — в русских говорах имел несколько значений. В южных и центральных областях кубом называли большой деревянный сосуд для варки пива или браги, а также меру объёма. Отсюда прозвище Кубах мог получить пивовар, бондарь, делающий такие чаны, или просто любитель хмельного. Есть и другая версия: в некоторых диалектах куб означал «толстяк», «коротышка» — человека плотного, коренастого сложения. Наконец, в северных говорах кубом называли рыбацкую сеть особого плетения — тогда прозвище могло указывать на рыбака.

Менее вероятно, но не исключено, что фамилия связана с топонимом Кубахово или Кубахи — такие названия встречаются в исторических документах по Смоленской и Псковской губерниям. В этом случае фамилия могла закрепиться за выходцем из соответствующей деревни. Однако первая версия — от прозвища по ремеслу или внешности — выглядит убедительнее, так как суффикс -ов в чистом виде чаще образуется от личных имён и прозвищ, а не от названий поселений (для последних типичны суффиксы -ский/-ской).

Фамилия Кубахов — относительно редкая. В дореволюционной России её носители встречались в основном среди крестьян и мещан центральных губерний, особенно в Тверской и Московской. Сословной элиты среди Кубаховых не зафиксировано, что подтверждает бытовое, «ремесленное» происхождение фамилии. Сравните с однокоренными фамилиями: Кубарев (от кубарь — волчок, игрушка), Кубанцев (от названия реки Кубань) — но Кубахов стоит особняком, указывая на конкретный предмет или признак, а не на географию.