Фамилия Куборева — женская форма от Куборев, а та, в свою очередь, образована от прозвища или нецерковного имени Куборь. Это редкий случай, когда в основе лежит не очевидное ремесло или внешность, а, скорее всего, глагол «куборить» или существительное «кубарь». В русских говорах «кубарь» — это волчок, детская игрушка, которая вертится. Прозвище Куборь могли дать непоседливому, вертлявому человеку, который, как тот волчок, не сидел на месте. Есть и другая версия: в некоторых диалектах «куборить» означало «ворчать, брюзжать», так что прозвище могло характеризовать неугомонного или ворчливого человека.

Словообразовательная модель фамилии типична для русского севера и центра: суффикс -ев указывает на принадлежность («чей?» — Куборев, то есть сын или потомок Куборя). В отличие от более распространённого суффикса -ов, который часто присоединялся к основам на твёрдый согласный, -ев появляется после мягких или шипящих (как в случае с «Куборь», где конечный звук мягкий). Это косвенно подтверждает, что исходная форма имени или прозвища была именно Куборь, а не Кубор.

Географически фамилия Куборева встречается редко и тяготеет к Вологодской, Архангельской областям и соседним регионам — тем местам, где диалектное слово «кубарь» было в ходу. В дореволюционных переписях эта фамилия почти не фиксируется, что говорит о её локальном, возможно, крестьянском происхождении: её носители, скорее всего, были государственными или помещичьими крестьянами из северных губерний.

Интересно сравнить её с более частыми однокоренными фамилиями — Кубарев, Кубарьков. Кубарев, вероятно, восходит к тому же «кубарю», но в форме с твёрдым окончанием, что характерно для южнорусских говоров. Куборева же сохранила диалектную мягкость, что делает её более точным маркером северного происхождения. По сути, это фамилия-свидетельница: она не просто называет предка, а хранит звучание местного говора, который в XX веке почти исчез.