Фамилия Кубоян — редкий случай в русском ономастиконе, и её происхождение лежит не в славянских землях, а на Кавказе, скорее всего, в армянской среде. В основе фамилии лежит тюркское или армянское личное имя или прозвище Кубо. В армянском языке суффикс -ян (или -янц) — один из самых распространённых патронимических показателей, указывающий на принадлежность к роду: буквально «из рода Кубо». Если отбросить суффикс, остаётся корень Куб-, который может восходить к тюркскому слову «куба» — бледный, светлый, седой. В таком случае прозвище Кубо могли дать человеку со светлыми волосами или бледной кожей, что было заметно в южных регионах.

Вторая, менее вероятная версия связывает фамилию с греческим или понтийским влиянием. В некоторых диалектах «куба» означало «горб» или «выпуклость», и прозвище могло относиться к физической особенности. Однако армянская модель образования — через суффикс -ян — выглядит убедительнее, поскольку фамилии на -ян массово фиксируются среди армян, переселявшихся в Российскую империю в XIX веке, особенно после русско-турецких войн.

Географически фамилия Кубоян встречается в Краснодарском крае, Ростовской области и в Армении. В России она могла появиться вместе с армянскими переселенцами, которые оседали на Кубани и в Причерноморье. Интересно, что написание фамилии — через «о», а не через «а» (Кубаян) — может указывать на диалектное произношение или на фиксацию в документах по слуху. В отличие от массовых русских фамилий на -ов/-ев, эта фамилия сохраняет национальный суффикс, что сразу выдаёт её носителя как потомка армянского рода, чьё прозвище или имя Кубо со временем закрепилось за целой семьёй.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то в армянской среде встречаются Кубоянц (с более полным суффиксом) и Кубатян, где корень, возможно, связан с названием посуды (кубок) или с топонимом. Но для Кубоян наиболее вероятна связь именно с цветом или внешностью предка.