Фамилия Кубонин — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. В её основе лежит либо прозвище, либо искажённое имя, а суффикс «-ин» указывает на принадлежность: «чей?» — Кубонин, то есть сын или потомок Кубони.

Самая вероятная версия связывает фамилию с диалектным словом «кубоня» или «кубаня». В южнорусских и украинских говорах так называли короткую, полную, сбитую фигуру — человека плотного телосложения, коренастого, иногда приземистого. Прозвище Кубо́ня мог получить крестьянин или ремесленник за внешность, и от него пошла фамилия Кубонин. Такая модель образования (прозвище на -я → фамилия на -ин) встречается у многих русских фамилий: Груздя → Груздин, Коря → Корин.

Менее убедительная, но возможная версия — связь с тюркским именем Кубан (Кобан), означающим «сильный, могучий». В приграничных с тюркскими народами областях (например, на юге России) такие имена иногда переходили в фамилии через русифицированную форму Куба → Кубонин. Однако суффикс «-он-» в основе (Кубон-) скорее характерен для русского прозвищного словообразования, чем для прямого заимствования.

Лингвистически фамилия образована без типичных «дворянских» суффиксов (-ский, -ов), что указывает на крестьянское или мещанское происхождение. В дореволюционных документах Кубонины могли встречаться в Курской, Воронежской, Тамбовской губерниях — именно там бытовало слово «кубоня». Фамилия не зафиксирована в крупных ономастических словарях (Унбегауна, Никонова) как массовая, что подтверждает её локальный и редкий характер.

Если вы ищете корни, стоит проверить переписи XIX века по указанным регионам — скорее всего, предки были государственными крестьянами или однодворцами, и фамилия закрепилась в одном-двух сёлах.