Фамилия Кубонина — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. На первый взгляд она кажется отчеством от прозвища Кубо́ня, но здесь есть нюанс: суффикс -ин указывает на принадлежность «сыну Кубони» или «жене Кубони» (в женском роде фамилия могла закрепиться за вдовой или дочерью). Однако основа «Кубон-» в русских говорах почти не встречается. Самое правдоподобное объяснение — фамилия образована от прозвища Кубо́н, которое, в свою очередь, могло быть вариантом слова «кубон» — в некоторых диалектах так называли кубышку, сосуд для денег или просто округлый предмет. Прозвище могли дать человеку приземистому, полному или, наоборот, тому, кто вёл счёт деньгам, был прижимистым.

Слабая, но возможная версия — связь с гидронимом Кубань. Если предок был выходцем с Кубани, его могли прозвать Куба́нь, а в бытовой речи — Кубо́ня. Но тогда фамилия скорее звучала бы как Кубанев или Кубанов. Форма Кубонина характерна для северных и центральных областей России, где суффикс -ин активен, а прозвища на -оня (-уня) типичны для новгородских и псковских говоров: там любили уменьшительные имена вроде Федюня, Степоня, Купоня. Возможно, Кубо́ня — это искажённое Купа́ня (от купать, купальщик) или Ку́поня (от купец, купон).

В документах фамилия встречается настолько редко, что её можно считать почти уникальной. Это не описка и не случайная запись: модель «основа на -он + -ин» даёт фамилии вроде Кубонин, а женская форма Кубонина могла закрепиться, если в семье не было мужчин-наследников или фамилию записали по матери. Точнее сказать трудно: без архивных записей остаётся гадать, был ли первый Кубо́ня рубакой с Кубани или бережливым хозяином с кубышкой.