Фамилия Кубанин — наглядный пример того, как топоним становится фамилией. Её основа — название реки Кубань. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Кубанин буквально означает «человек с Кубани», «живущий на Кубани» или «выходец с Кубани». Такая модель образования типична для фамилий, произошедших от географических названий: Москвин, Волгин, Донцов.

В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще образовывались от прозвищ и имён, суффикс -ин в данном случае работает как указатель места. Если бы фамилия звучала как Кубанов, она могла бы происходить от прозвища Ку́бан (человек, связанный с Кубанью), но Кубанин — это прямая отсылка к территории. Носитель такой фамилии, скорее всего, был переселенцем из Кубанской области или его предок запомнился окружающим как «кубанец».

Географическая привязка здесь сильная. Фамилия Кубанин распространена в южных регионах России, на Кубани и в соседних областях, но встречается и в центральной России — как следствие миграций XIX-XX веков, когда крестьяне и казаки осваивали новые земли или уходили в города. В казачьей среде фамилия могла закрепиться за выходцами с Кубани, которые служили в других казачьих войсках.

Словообразовательно фамилия прозрачна, споров у этимологов не вызывает. Единственный тонкий момент: если основа — не река, а её приток или населённый пункт с тем же корнем (например, станица Кубанская), суть не меняется — связь с регионом остаётся прямой. В словаре русских фамилий Б. Унбегауна подобные примеры рассматриваются как типичные топонимические фамилии.

Таким образом, предок носителя фамилии Кубанин с высокой вероятностью был уроженцем Кубани или человеком, который жил на этой реке. В отличие от фамилий, скрывающих забытые прозвища, Кубанин — открытая карта, указывающая на конкретное место на карте России.