Фамилия Кубанских — редкий случай, когда географическое имя стало фамилией не через суффикс принадлежности, а через окончание, типичное для прилагательных во множественном числе. Форма на -их (а также -ых) характерна для северных и сибирских говоров: в Архангельской, Вологодской, Вятской губерниях и в Зауралье так образовывали фамилии, отвечающие на вопрос «чьи?» — то есть «из семьи тех, кто живёт на Кубани». При этом сам предок мог никогда не бывать на Кубани: прозвище «Кубанский» давали человеку, который пришёл оттуда, торговал с кубанскими казаками или даже просто носил одежду, напоминающую кубанскую. Потомков такого человека в документах записывали как «Кубанских» — то есть «из рода Кубанского».

Словообразовательная модель здесь двойная. Основа — «кубан-», от названия реки Кубань, которое, в свою очередь, восходит к тюркскому «къобан» — «бушующая, разливающаяся». Суффикс -ск- указывает на принадлежность к местности, а окончание -их закрепляет фамилию в родительном падеже множественного числа. В центральной России такую фамилию могли бы записать как Кубанский или Кубанов, но на Русском Севере и в Сибири закрепилась именно форма Кубанских. По этой же модели образованы фамилии Московских, Казанских, Польских — все они указывают на выходцев из определённой местности.

В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые часто давались по отцу или по роду занятий, фамилия Кубанских сразу маркировала человека как «пришлого», «не здешнего». В переписных книгах XVII–XVIII веков такие прозвища нередко давали беглым крестьянам, переселенцам или отставным казакам, осевшим в северных уездах. Поэтому носители фамилии Кубанских — это, скорее всего, потомки тех, кто в своё время двинулся на север с южных рубежей, а не наоборот.

С точки зрения сословной принадлежности фамилия не элитарная: дворянских родов Кубанских в «Бархатной книге» и «Общем гербовнике» нет. Это крестьянская или мещанская фамилия, распространённая в основном в Вологодской, Кировской и Пермской областях, а также среди старообрядцев Забайкалья. Встречаемость её невысока, что добавляет ей ценности как маркеру локальной миграционной истории.