Фамилия Кубанев образована от прозвища или нецерковного имени Куба́н. В русских говорах «кубан» — это не только житель Кубани, но и, по данным словаря Даля, «крупный, толстый» человек, а также «неповоротливый, увалень». В некоторых областях так называли и вид кафтана, но для фамилии вероятнее первое значение — характеристика внешности или характера.

Модель образования проста: суффикс -ев присоединился к основе Кубан, указывая на принадлежность («чей?» — сын Кубана). Это типичная патронимическая фамилия, возникшая в среде крестьян и посадских людей не позднее XVII века. Форма без мягкого знака (Кубанев, а не Кубанеев) говорит о том, что исходное слово закрепилось в твёрдом варианте.

Географически фамилия тяготеет к центральным и южнорусским областям. Встречается в Воронежской, Тамбовской, Рязанской губерниях — там, где «кубан» как прозвище было в ходу. Связь с рекой Кубанью и казачеством возможна, но менее вероятна: казачьи фамилии чаще оформлялись через -ов (Кубанов) или вовсе без суффикса. Кубанев — скорее прозвищная фамилия из крестьянского быта.

В написании путаница редка, но встречается вариант Кубанеев — он мог возникнуть под влиянием фамилий на -еев (как Алексеев) или от иной основы (например, от имени Кубаней). Однако устойчивая форма — именно Кубанев, с одним «е» в суффиксе.

О сословной принадлежности предков можно судить по косвенным данным: в переписных книгах XVII–XVIII веков Кубаневы числятся среди однодворцев и государственных крестьян. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано — это фамилия простонародная, без герба и родословных росписей.