Фамилия Кубанов образована по одной из самых распространённых в русском языке моделей: от прозвища Кубан с помощью патронимического суффикса -ов. Суффикс указывает на принадлежность («чей?»), поэтому изначально Кубанов — это сын Кубана или потомок человека с таким прозвищем.

Слово «кубан» в народных говорах имело несколько значений, и все они могли лечь в основу прозвища. В казачьей среде кубаном называли большую крынку — глиняный сосуд для молока. В орловских говорах так именовали ситный, то есть сдобный хлеб. В обоих случаях прозвище мог получить либо гончар, делавший крынки, либо пекарь, выпекавший хлеб. Такая версия логична: прозвища по ремеслу или занятию давались часто и легко закреплялись за родом.

Однако более вероятно, что прозвище Кубан имело иную, обиходную мотивировку. Слово «кубан» в переносном смысле использовалось для обозначения полного, тучного человека. Сравнение с большим, пузатым сосудом или сдобным хлебом напрашивалось само собой. В русской ономастике такие «антропоморфные» прозвища по внешним признакам — одни из самых частых. Поэтому версия о том, что Кубанов — это потомок человека, которого за дородность прозвали Кубаном, представляется наиболее правдоподобной.

Фамилия не указывает на географическое название реки Кубань или кубанских казаков. Основа здесь — нарицательное слово, а не топоним. Фамилия Кубанов встречается преимущественно в центральных и южнорусских областях, что подтверждает её связь с местными диалектами.