Фамилия Кубанская — одна из тех, что напрямую связана с географией, но не так проста, как кажется на первый взгляд. При поверхностном взгляде кажется, что её основа — река Кубань или одноимённый регион. И это действительно самая вероятная и распространённая версия: предок человека с такой фамилией мог быть выходцем с Кубани, то есть из земель в низовьях этой реки, которые исторически называли Кубанью. В таком случае фамилия образована по типичной для русской ономастики модели «от названия местности + суффикс -ск-», указывающей на принадлежность к этой территории. По той же логике появились фамилии Московский, Вятский, Сибирский.

Однако у фамилии Кубанская есть важная особенность, которая отличает её от большинства «географических» фамилий. Форма на -ская (женский род) в русской традиции редко бывает исходной для фамилии мужчины. Обычно мужская фамилия звучит как Кубанский, а женская — Кубанская. Если же в документах зафиксирована именно форма Кубанская, это может говорить о том, что фамилия происходит от прозвища, данного женщине. Например, в казачьей среде женщину, пришедшую с Кубани или вышедшую замуж за кубанского казака, могли прозвать Кубанской. Потомки могли закрепить это прозвище как родовое имя, не меняя окончания. Такая модель встречается в малороссийской (украинской) традиции, где фамилии на -ая/-яя нередко передавались по женской линии в неизменном виде.

Словообразовательный суффикс -ск- в данном случае указывает на принадлежность, а не на уменьшительность или профессию. В отличие от фамилий на -ов/-ев (Петров, Иванов), которые часто означают «сын такого-то», или на -ин (Пушкин — «сын Пушки»), фамилии на -ский/-ская в подавляющем большинстве случаев топонимические. Они были особенно популярны в среде духовенства и дворянства в XVIII–XIX веках, когда семинаристам или служилым людям давали фамилии по названию их родного села, города или реки. Поэтому Кубанская могла появиться у семинариста, родившегося в станице на Кубани, или у дворянина, владевшего землями в этом регионе. Впрочем, среди казаков — основного населения Кубани — фамилии на -ский тоже встречались, но реже, чем на -ов или -ин.

Встречается и более редкая, но не лишённая оснований версия: связь с тюркским словом «кубан» — «буйный, бурный» (о реке) или с адыгским «къобэн» — «река, текущая в низине». Если фамилия образована напрямую от этого корня, минуя географическое название, она могла быть прозвищем человека с бурным нравом или того, кто жил у бурной реки. Однако эта гипотеза слабее топонимической: в русской ономастике фамилии, образованные напрямую от тюркских прилагательных без посредничества топонима, крайне редки, и для Кубанской нет надёжных источников, подтверждающих такую этимологию.

Географически фамилия Кубанская встречается в основном на юге России, особенно в Краснодарском крае, Ростовской области, а также среди потомков кубанских казаков, переселившихся в другие регионы. Встречается она и на Украине, где её могли принести выходцы с Кубани во время миграций. Сословно носители фамилии в XIX веке чаще всего были казаками, реже — крестьянами или мещанами. Дворянских родов с такой фамилией в официальных родословных книгах не зафиксировано, что косвенно подтверждает её «народное» происхождение — от прозвища или указания на место жительства, а не от поместья.