Фамилия Кубанёва — женская форма фамилии Кубанёв, и чтобы понять её происхождение, нужно разобрать мужской вариант. Основа здесь — «Кубань», но не в привычном значении реки или региона. Прозвище Куба́нь на русском Севере и в Сибири давали человеку плотного, коренастого телосложения, «кубастого» — то есть похожего на куб или кадушку. В вятских и пермских говорах «кубанём» называли неуклюжего, мешковатого человека. Таким образом, фамилия образована от прозвища по внешности или характеру через притяжательный суффикс -ёв, который в северных и восточных говорах нередко заменял стандартное -ев после мягких согласных.

Обратите внимание на ударение: Кубанёва (с буквой «ё»). Это не случайная опечатка в документах. Написание через «ё» — характерный признак фамилий, которые оформились в XIX веке в среде государственных крестьян и однодворцев центральных и северных губерний. Там суффикс -ёв указывал на принадлежность к конкретному человеку по прозвищу, а не по имени. Если бы фамилия произошла от названия реки, она скорее звучала бы как Куба́нский или Куба́нцев.

Встречается фамилия не на Кубани, а в Воронежской, Липецкой и Тамбовской областях — зонах, куда в XVII–XVIII веках переселяли служилых людей с севера. Там прозвище Куба́нь могло закрепиться за выходцем из мест с похожим говором или за человеком, который носил кубанку (шапку-ушанку определённого покроя). Вторая версия менее вероятна, так как слово «кубанка» в значении головного убора вошло в обиход позже, уже после Кавказской войны.

Словообразовательный ряд прост: Куба́нь (прозвище) → Куба́нёв (сын или внук Кубани) → Кубанёва (жена или дочь Кубанёва). Суффикс -ёв здесь не уменьшительно-ласкательный, а именно притяжательный, как в фамилиях Плетнёв, Рублёв, Окунёв. В дореволюционных метрических книгах фамилию могли записать как «Кубанев» (без ё), но в современном русском языке нормативное написание с буквой «ё» обязательно, иначе теряется ударение и смысл.