Фамилия Кубытёв — редкая и в своем происхождении неочевидная. В её основе лежит прозвище или имя Кубыт, а суффикс -ёв указывает на принадлежность: «чей?» — Кубытёв, то есть потомок человека по прозвищу Кубыт.

Самая вероятная версия связывает основу с диалектным словом «кубыть» или «кубыт». В русских говорах, особенно на севере и в Сибири, «кубыть» означает «кажется», «будто», «пожалуй». Человек, имевший привычку вставлять в речь это слово-паразит, мог получить прозвище Кубыт. Подобным образом возникали фамилии от частиц и междометий — например, Таков, Нечай, Айдаров. Модель образования здесь редкая: фамилии от наречий и вводных слов встречаются нечасто, что делает Кубытёва интересным ономастическим случаем.

Менее распространённая гипотеза выводит фамилию из тюркских языков, где «куб» или «кубы» может означать «сосуд», «кувшин» или «тыква» (как ёмкость). Тогда Кубыт — это прозвище мастера, делавшего такую посуду, или человека с округлой фигурой. Однако фонетический переход от тюркского «кубы» к русскому «Кубыт» неочевиден, и суффикс -ыт в тюркских заимствованиях нетипичен. Поэтому эта версия менее правдоподобна.

Суффикс -ёв (а не -ов) указывает на то, что основа оканчивалась на мягкий согласный или шипящий (Кубыть → Кубытёв). В старых документах фамилия могла писаться через «ять» или с буквой «и» — Кубытев, но современное написание с «ё» закрепилось в XX веке. Географически фамилия встречается спорадически, без ярко выраженного гнезда, что подтверждает её редкость и, возможно, позднее возникновение — в среде крестьян или мещан, где прозвища давались по бытовым признакам.

Таким образом, Кубытёв — фамилия, скорее всего, от прозвища по речевой особенности: предок этого рода был человеком, который часто сомневался или употреблял слово «кубыть».