Фамилия Кучужин — редкий случай, когда географическая привязка проясняет этимологию лучше, чем прямое значение корня. В основе лежит прозвище или некалендарное имя Кучуга, Кучужа. Слово «кучуга» в южнорусских и украинских говорах означало «кочка», «бугорок» или «куча земли», а в переносном смысле — невысокого, коренастого человека, «комка». Отсюда же украинские фамилии Кучугура, Кучугуря, Кучук. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — сын Кучуги, то есть Кучужин.

Однако есть и более конкретная версия, связанная с историей заселения юга России. В документах XVII–XVIII веков встречаются «кучугуры» — так называли не только кочки, но и песчаные холмы, дюны на побережье Азовского и Чёрного морей. Известны Кучугуры — историческая местность на Тамани и село в Курской области. Человек, живший на таком холме или переселившийся из села Кучугуры, мог получить прозвище Кучуга, Кучужа, а его потомки — фамилию Кучужин. Эта версия правдоподобнее прямого прозвища, так как объясняет, почему фамилия встречается в основном на юге России и в Краснодарском крае.

Морфологически фамилия проста: корень «кучуж-», суффикс «-ин». В отличие от типичных «-ов»-фамилий, «-ин»-фамилии чаще образовывались от основ на -а, -я, что подтверждает исходное имя Кучужа. Встречается написание Кучужин и Кучюжин — последнее может быть результатом украинского произношения или ошибки писаря. Однокоренные фамилии — Кучуков, Кучуров, Кучугуров — все они восходят к тому же кругу значений, связанных с формой или рельефом.