Фамилия Кудайбергенов происходит от мужского тюркского имени Кудайберген. В переводе с казахского языка оно означает «Богом данный». Таким именем родители часто нарекали долгожданного, желанного и любимого ребенка — того, кого вымаливали и ждали особенно.

Модель образования фамилии типична для русской адаптации тюркских имен: к основе Кудайберген добавили патронимический суффикс -ов. В среде, где фамилии только начинали закрепляться, это означало «сын Кудайбергена». Такой способ словообразования — один из самых распространенных в русском ономастиконе, и для фамилий тюркского происхождения он тоже обычен. Например, по тому же принципу сложились фамилии Бекбергенов, Тлеубергенов и другие, где вторая часть сложного имени — «берген» (данный).

Само имя Кудайберген — составное. Первая часть, «Кудай» (или «Құдай»), в тюркских языках означает «Бог», «Всевышний», а вторая, «берген», — причастие со значением «дал», «дарованный». Таким образом, имя прямо указывает на божественный дар. В прошлом такие имена были широко распространены у казахов, киргизов, каракалпаков и других народов, исповедующих ислам, но с сильным пластом доисламских верований.

Фамилия Кудайбергенов — не самая редкая, но и не массовая. Она встречается преимущественно в Казахстане, а также среди диаспор в России, Узбекистане и Кыргызстане. В русской среде фамилия могла подвергаться упрощению в произношении, но на письме сохранила исходную структуру. Интересно, что в некоторых записях XIX века встречается вариант Кудайбергенов с двойным «н» — Кудайбергеннов, но это скорее канцелярская ошибка, чем осознанная норма.

Примечательная деталь: в отличие от многих фамилий, образованных от имен с религиозным подтекстом (например, от русского имени Богдан), Кудайбергенов сохранила прямую отсылку к тюркскому понятию «Кудай», а не к арабскому «Аллах». Это говорит о том, что имя сформировалось в среде, где ислам уже укоренился, но язык сохранил старые тюркские обозначения божества. Поэтому по фамилии можно судить не только о личной истории семьи, но и о языковых и культурных процессах в Центральной Азии.