Фамилия Кудеенко — характерный пример восточнославянской модели на -енко, которая в XVII–XVIII веках массово формировалась на землях современной Украины и Беларуси. Суффикс -енко изначально означал «маленький», «сын» или «ученик», превращая прозвище или имя отца в родовое имя. Так Кудеенко — это буквально «сын (или потомок) Кудьи».

Основа фамилии восходит к прозвищу Кудья. В старину так могли называть человека с кудрявыми, вьющимися волосами — от слова «кудри». Но есть и другая, не менее правдоподобная версия: Кудья — это уменьшительная форма от канонического имени Никита (в народном произношении — Микита, Микитка, а через чередование — Кудима, Кудька, Кудья). В белорусских и украинских говорах имя Никита нередко превращалось в Кудьму или Кудьку, откуда и пошло прозвище Кудья. Так что предок Кудеенко мог быть либо кудрявым человеком, либо просто Никитой, чьё имя переделали на местный лад.

Географически фамилия тяготеет к левобережью Днепра: Черниговщина, Полтавщина, Слобожанщина. В реестрах казацкой старшины и мещан XVII–XVIII веков встречаются Кудеи, Кудеенки — это были люди не из знати, а из свободного казачества или крестьян, получивших фамилию по отцу. Суффикс -енко закрепился в этих краях раньше, чем на севере, поэтому фамилия звучит по-украински.

Редкость фамилии в том, что основа Кудья почти не дала других фамилий за пределами этой модели. В отличие от массовых Кудрявцевых или Кудряшовых, Кудеенко сохранила архаичную форму прозвища, которая не перешла в современный русский язык. Если встретите Кудеенко — перед вами потомок либо кудрявого казака, либо Никиты, чьё имя обросло местными звуковыми привычками.