Фамилия Кудеев образована от личного имени Кудя — а это, в свою очередь, разговорная форма крестильных имён Акиндин (с греческого — «безопасный») и Никодим («побеждающий народ»). Но на этом история не заканчивается. Есть и другие версии происхождения основы, и все они по-своему интересны.

Согласно одной из гипотез, имя Кудя могло восходить к казанско-татарскому слову «кудай» — то есть «бог». Такое влияние тюркских языков на русскую антропонимию в Поволжье и Приуралье — явление нередкое. Есть и более мрачное предположение: имя связывают с названием злого духа — «куд». В этом случае имя Кудя выполняло охранительную функцию, своего рода оберег. Родители, надеясь, что злые силы не тронут ребёнка, называли его в честь духа, тем самым «обманывая» судьбу. Парадоксальная логика, но в народной культуре она работала веками.

Словообразовательная модель фамилии проста: суффикс -ев присоединился к основе Кудя, указывая на принадлежность («чей?» — Кудеев, то есть сын Куди). Эта модель — одна из самых распространённых в русских фамилиях, и она свидетельствует о том, что фамилия складывалась в среде, где отчество или прозвище отца переходило к детям в неизменном виде.

В отличие от многих фамилий с прозрачным ремесленным или географическим корнем, Кудеев стоит на стыке нескольких культурных пластов: древнерусской языческой традиции, православного именослова и тюркского влияния. Спор о том, какая из версий верна, остаётся открытым, но наиболее правдоподобной выглядит связь с каноническими именами Акиндин и Никодим — слишком уж распространён был в старину приём сокращать полные церковные имена до бытовых, ласковых форм.