Фамилия Кудеева — одна из тех, где за привычным звучанием скрывается неочевидная история. Её основа — мужское личное имя или прозвище Кудей, а сама фамилия образована по стандартной русской модели с суффиксом -ев, указывающим на принадлежность: «сын Кудея».

Самый вероятный и подробно разработанный в ономастике вариант происхождения имени Кудей связан со славянскими «охранительными» (апотропейными) именами. В его основе лежит слово «куд» — название злого духа, беса. По народным верованиям, давая ребёнку «плохое» имя, родители обманывали нечистую силу: считалось, что злого духа не заинтересует ребёнок с таким именем, и он оставит его в покое. Надеясь вырастить красивого и здорового мальчика, родители нарекали его Кудеем — то есть буквально «бесёнком», чтобы отвести от него настоящую беду. Это распространённый приём в дохристианской славянской традиции имянаречения.

Существует и вторая, бытовая версия: Кудеем могли прозвать знахаря или колдуна, то есть человека, который «кудесил», ворожил. В этом случае прозвище отражало род занятий или склонность к таинственным практикам.

Менее правдоподобна, но всё же встречается в литературе тюркская гипотеза. Согласно ей, имя Кудей восходит к искажённому казанско-татарскому «кудай» — «бог, аллах». Тогда прозвище мог получить набожный, верующий человек. Однако против этой версии говорит несколько факторов: во-первых, фонетический переход «кудай» > «кудей» не является закономерным для тюркских заимствований в русском языке; во-вторых, фамилия органично вписывается в ряд славянских «охранительных» имён (Некрас, Нелюб, Дурак и т.п.), что делает славянскую этимологию значительно более убедительной.

Таким образом, носитель фамилии Кудеева, скорее всего, является потомком человека по имени Кудей, которое в древности давалось с обережной целью — уберечь ребёнка от злых сил, назвав его «их же именем».