Фамилия Куджоян — характерный пример армянской фамилии, образованной по стандартной, но не единственной модели. В основе почти всегда лежит личное имя или прозвище, а суффикс указывает на происхождение. В данном случае суффикс -ян (в более старых вариантах -янц) означает «из рода» или «принадлежащий». То есть Куджоян — это «из рода Куджо» или «потомок Куджо».

Первая часть, Куджо, — это, скорее всего, вариант армянского имени Кудж (иногда также Гудж). В армянском языке слово «кудж» имеет несколько значений: «могучий», «сильный», «богатырь», а также «мощный» или «крепкий». Таким образом, имя Кудж могло быть прозвищем, данным физически сильному человеку, или же охранительным именем, которое родители давали ребенку в надежде, что он вырастет здоровым и крепким. Форма Куджо — это уменьшительно-ласкательный или обиходный вариант, распространенный в народной речи.

География фамилии Куджоян в основном связана с историческими регионами Западной Армении (современная восточная Турция), откуда после геноцида 1915 года многие носители переселились в Восточную Армению и диаспору. Встречаются Куджояны и на территории бывшей Российской империи, в частности в Ростовской области, Краснодарском крае и других регионах, где традиционно селились армяне.

Менее вероятная, но возможная версия связывает основу с тюркским словом küçük (маленький, младший). В таком случае фамилия могла возникнуть в среде армян, долгое время живших в тюркоязычном окружении, и означать «младший» или «малыш». Однако в армянской ономастике версия с армянским корнем «кудж» (сила) считается основной и более правдоподобной, поскольку имя Кудж фиксируется в средневековых армянских источниках.

С точки зрения социального статуса, фамилия Куджоян не указывает на конкретное ремесло или сословие — она образована от личного прозвища, а не от профессии. Предки носителей этой фамилии могли быть крестьянами, ремесленниками или торговцами; фамилия не дает оснований для узкой профессиональной привязки. Единственное, что можно утверждать с уверенностью: это фамилия армянского происхождения, указывающая на родоначальника по имени Кудж или Куджо, человека, которого, вероятно, отличала физическая сила.