Фамилия Кугаколова — редкий пример, где на равных конкурируют две совершенно разные языковые версии, и выбор между ними зависит от того, в какой части России жили предки. Первая и самая вероятная гипотеза — тюркская. Она разбирает прозвище Кугакол как сложение двух основ: «куга» (или «кога» — тростник, камыш) и «кол» (река, долина, овраг). Получается «камышовая река» или «долина в камышах». Прозвище могли дать переселенцу, чей дом стоял на берегу поросшей камышом реки, или человеку, жившему у урочища с таким названием. Это типичная для тюркских языков модель образования топонимических прозвищ, и она хорошо ложится на географию фамилии: Кугаколовы встречаются в регионах, где исторически сильны тюркские влияния.

Вторая версия — финно-угорская, и она построена на омонимии. Здесь «куга» — это уже не тростник, а «сова» (в финно-угорских языках), а «кол» — не река, а эрзянское слово со значением «способный, одарённый, сильный». Сторонники этой гипотезы считают, что прозвище Кугакол могли дать «совиному» человеку — тому, кто поздно ложится, бодрствует по ночам. Либо, если брать вторую часть основы («кол» как «сильный»), прозвище могло характеризовать мужчину как умного, сообразительного и крепкого. Эта версия выглядит более натянутой: она требует, чтобы два слова из разных финно-угорских групп (общефинское и эрзянское) случайно соединились в одном прозвище, что маловероятно. Поэтому тюркское объяснение — рабочее и правдоподобное, а финно-угорское остаётся спорной, но запоминающейся альтернативой.

Сама фамилия образована по стандартной русской модели: к основе Кугакол прибавили суффикс -ов, а затем женское окончание -а. Это чисто русская грамматическая оболочка, надетая на нерусский корень. Такие фамилии — Кугаколовы — фиксируются в документах, но массового распространения не получили, что говорит о локальном происхождении: род, скорее всего, берёт начало из одной конкретной местности, а не из обширного ареала.