Фамилия Кугаков образована от прозвища или имени Кугак. Его основа — слово «куга», у которого в русских говорах было два значения. Первое, и главное, — болотное растение (рогоз или камыш), которое издавна использовали для плетения поделок, утвари и даже для конопачения бочек и стен. Отсюда глагол «кужить» — конопатить стеблями куги. Второе значение бытовало в северных районах европейской России: там «кугой» называли сову.

Поэтому возможны две версии происхождения. Первая — профессиональное прозвище. Кугаком могли назвать мастера, который плел из куги корзины, циновки или занимался конопаткой. Вторая, менее очевидная, — охранительное имя. В северных областях ребенку могли дать имя Кугак в значении «сова», чтобы природа приняла его как своего и передала птичьи качества.

В документах фамилия зафиксирована в Смоленской области. В Книге памяти региона упоминаются Иван Владимирович Кугаков (1897 года рождения) и Никита Михайлович Кугаков (1883 года рождения) — оба из деревни Сливино Монастырщинского района. Фамилия образована по типичной русской модели: прозвище на -ак (как Рыжак, Гуляк) плюс патронимический суффикс -ов, то есть «сын Кугака».