Фамилия Кугенек — редкий случай, когда географический и этнический след просматривается почти сразу, но точное значение исходного слова ускользает. Если отбросить случайные совпадения, фамилия явно тюркского происхождения, причем её ареал — юг Сибири, Алтай и прилегающие территории. Основа «кугенек» или «кӱгенек» в алтайском, хакасском, тувинском языках означает «пуповина», «пупок», а в переносном смысле — «родня», «единокровный». В тюркской антропонимии такие прозвища давали младшему ребенку, последнему в роду, или же человеку, который считался связующим звеном семьи. Не исключено, что фамилию получил пришлый человек, примкнувший к роду, — своего рода «привязанный» к новой общине.

Модель образования проста: Кугенек — это не русифицированная форма, а прямое заимствование прозвища в качестве фамилии. Суффикса -ов, -ев или -ин здесь нет, что указывает на позднюю фиксацию, скорее всего, в советское время, когда у коренных народов Сибири стали массово записывать фамилии по отчеству или прозвищу без добавления русских окончаний. Встречается также вариант Кугенёк, с ударением на последний слог, что характерно для хакасского произношения.

Спорный момент: в некоторых тюркских диалектах «кугенек» созвучно слову «куга» — «болотная трава», «осока», и тогда прозвище могло относиться к человеку, жившему у болотистого места или занимавшемуся плетением из травы. Но эта версия слабее: основа «куген» в значении «пуповина» встречается шире в Саяно-Алтайском регионе. В словарях тюркских фамилий (например, в работах А. Суперанской по ономастике народов Сибири) фамилия Кугенек не упоминается — это говорит о её локальном бытовании и малой численности носителей.

Социально предки носителя фамилии, скорее всего, были скотоводами или охотниками, возможно, шаманами — в тюркской традиции «пуповинный» человек нередко считался отмеченным духами. Но документальных подтверждений этому нет. Фамилия остаётся загадкой, и её главная ценность — в указании на конкретный уголок Сибири, где живут или жили люди, называвшие себя по самому древнему родовому узлу.