Фамилия Кугенева имеет очень интересную историю происхождения и относится к распространенному типу древнейших восточных фамилий, ведущих свое начало от тюркского прозвища Куген. Фамилия Кугенева ведет свое начало от слова «куген», которое в переводе с татарского означает «дверная петля», «терновник» - «колючее деревце, растущее в средней и южной полосе». Скорее всего, это слово легло в основу прозвища Куген, которое относится к так называемым «профессиональным» именованиям, содержащим указание на деятельность человека. Возможно, родоначальник Кугеновых был плотником. Кроме того, известно, из плодов терновника в старину делали терновую наливку (терновку). Поэтому человек по прозвищу Куген мог заниматься этим видом промысла. Согласно другой гипотезе, прозвище Куген восходит к марийскому слову «кугыен» - «взрослый». Соответственно, Кугеном называли мудрого, рассудительного мужчину.