Фамилия Кугот — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В основном исследователи связывают её с диалектным прозвищем, а не с крестильным именем.

Скорее всего, в основе лежит слово «кугут». Так на Украине, в Краснодарском крае и Ростовской области называли сельского жителя, который перебрался в город. Переселенцы не сразу становились «своими»: говорили на суржике (смеси украинского и русского), придерживались народных вкусов и в одежде предпочитали яркие цвета — красно-фиолетовый, лиловый, ярко-зеленый. Городские старожилы относились к ним с неприязнью и окрестили кугутами. Само слово, вероятно, восходит к польскому «когут» — петух. Прозвище Кугот как раз и могло закрепиться за таким человеком — заметным, провинциальным, не вписавшимся в городской уклад.

Менее вероятна версия, связывающая фамилию с латышским глаголом kuģot — «плавать на корабле». Тогда прозвище могло относиться к моряку, но эта гипотеза слабее: географически и исторически фамилия тяготеет к южнорусским и украинским землям, а не к Прибалтике.

По модели образования это чисто русская фамилия без суффикса — Кугот. Такие фамилии обычно возникали, если прозвище закреплялось за человеком без дополнительных формальностей: Кузнец, Сорока, Кугот. В данном случае прозвище перешло в фамилию напрямую, что говорит о его давнем и прочном бытовании в народной среде.