Фамилия Кукенова — женская форма фамилии Кукенов, и чтобы понять её происхождение, нужно разобраться с мужским вариантом. Основа здесь — «Кукен». Слово это неочевидное, и у него есть как минимум две версии происхождения, причём обе ведут в тюркские языки.

Первая и наиболее вероятная версия связывает «Кукен» с тюркским словом «кюкюн» или «кукен» — так в некоторых диалектах называли кукушку. Прозвище Кукушка мог получить человек с характерным голосом, либо тот, кто, по народным поверьям, родился в период кукования. В тюркской среде такие прозвища были распространены, и фамилия Кукенов могла образоваться именно от этого корня.

Вторая версия отталкивается от тюркского «кюк» — небо, синий, голубой. Тогда «Кукен» — это уменьшительно-ласкательная форма, что-то вроде «синеглазый» или «небесный». В таком случае фамилия могла указывать на цвет глаз или на какое-то мифологическое прозвище. Оба варианта правдоподобны, но версия с кукушкой встречается в ономастических исследованиях чаще, так как прозвища по птицам — один из самых продуктивных источников фамилий в тюркских языках.

Суффикс «-ов» в фамилии Кукенов указывает на русскую модель образования, которая часто накладывалась на нерусские основы в XIX–XX веках. Это типичная история для фамилий народов Поволжья, Урала и Средней Азии, где русская администрация фиксировала местные прозвища с привычным окончанием. Поэтому географически фамилия Кукенова чаще всего встречается среди казахов, башкир, татар и других тюркоязычных народов.

Что касается социального контекста: носители фамилии Кукенов в XIX веке скорее всего были крестьянами или скотоводами, поскольку прозвища по птицам и природным явлениям в этих слоях были обычным делом. Дворянских корней у фамилии не прослеживается. Таким образом, предки человека с фамилией Кукенова могли быть людьми, получившими прозвище по голосу, внешности или месту жительства, а сама фамилия — живой пример взаимодействия тюркской лексики и русской модели фамилиеобразования.