Фамилия Кухоткин — редкая и с неочевидной этимологией, что сразу делает её интересной для разбора. Если бы она оканчивалась на -ов или -ин, её можно было бы легко возвести к имени отца, но суффикс -кин намекает на другой механизм: перед нами, скорее всего, прозвищная фамилия, образованная от слова женского рода.

В центре внимания — основа «Кухотк-». Самый прямой путь ведёт к диалектному слову «кухотка». В говорах Псковской, Тверской и Новгородской областей так называли кухню, а в переносном смысле — стряпуху, женщину, которая постоянно стоит у печи. Суффикс -к- здесь уменьшительно-пренебрежительный, то есть «кухотка» — это не просто кухня, а маленькая, тесная или плохая кухонька. Прозвище Кухотка могли дать либо домоседке, которая редко выходила из кухни, либо, наоборот, плохой хозяйке, у которой и кухня не в порядке. Фамилия Кухоткин, таким образом, означает «сын (или потомок) Кухотки», то есть человека, известного под этим прозвищем.

Есть и вторая, менее вероятная, но любопытная версия. В тех же северо-западных говорах встречается глагол «кухотать» — кашлять, чихать, тяжело дышать. Человек с хроническим кашлем или одышкой мог получить прозвище Кухота, а его детей уже записали бы как Кухотиных или Кухоткиных. Фонетически форма «Кухотка» (от «кухотать») возможна, но встречается реже, чем «кухотка»-кухня.

Географически фамилия Кухоткин привязана к северо-западу России. В дореволюционных метрических книгах она встречается в Псковской и Новгородской губерниях, реже — в Тверской. Это подтверждает первую версию: именно в этих краях слово «кухотка» в значении «кухня» было в ходу. Сословно носители фамилии — почти поголовно крестьяне и мещане; дворянских родов Кухоткиных не зафиксировано.

Сравнение с однокоренными фамилиями даёт дополнительный ключ. Существуют фамилии Кухтин, Кухтинский, а также Кухарев и Кухаркин — все они так или иначе связаны с кухней, стряпнёй или поварским делом. Кухоткин стоит в этом ряду особняком: если Кухарев — прямой потомок повара (кухаря), то Кухоткин — потомок женщины-стряпухи, причём названной не по профессии, а по месту работы или по ироничному прозвищу. Это редкий случай, когда фамилия сохранила не мужское, а женское прозвище в основе.

Итог простой: Кухоткин — фамилия-прозвище от диалектного «кухотка» (кухня), с суффиксом -кин, указывающим на принадлежность. Предки носителя этой фамилии жили на северо-западе России, и, скорее всего, кого-то из них в деревне знали как Кухотку — либо за любовь к плите, либо за неумение содержать кухню в порядке.